python - 正在加载 rpy2 : ImportError: version `GOMP_4.0' not found

Question

在 Jupyter Notebook 或控制台中加载 rpy2 时出现以下错误:

Traceback (most recent call last):
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 184, in         _run_module_as_main
    "__main__", mod_spec)
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/runpy.py", line 85, in     _run_code
    exec(code, run_globals)
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/tests.py", line 23, in <module>
    import rpy2.tests_rpy_classic
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-    packages/rpy2/tests_rpy_classic.py", line 3, in <module>
    import rpy2.rpy_classic as rpy
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rpy_classic.py", line 5, in <module>
    import rpy2.rinterface as ri
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /home/louis/anaconda3/lib/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)

• R 版本:3.2.3
• Python 版本:3.5.2::Anaconda 自定义(64 位)
• 操作系统:ubuntu 16.04 LTS 64 位
• rpy2 版本:2.8.5

我不知道它有多相关，但我安装了 gcc，并且我可以在 python 中导入 rpy2。

任何帮助或提示将不胜感激。

<小时/>

根据 omri_saadon 的评论，我将 LD_LIBRARY_PATH 设置为通向 libgomp 目录的所有路径，这些路径是:

• $HOME/anaconda3/pkgs/gcc-4.8.5-7/lib
• $HOME/anaconda3/pkgs/libgcc-4.8.5-2/lib
• $HOME/anaconda3/pkgs/lib

但每次都会遇到相同的错误:

ImportError: path_to_libgomp/libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /usr/lib/R/lib/libR.so)

<小时/>

所以我的追求仍在继续^^(我必须承认我并不真正知道我正在做的事情的来龙去脉)。
当我成功设置 export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu (在 root 模式下找到)时，我遇到了另一种错误:

    import rpy2.rinterface as ri                                                                             
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-  packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module> 
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,                                                        
ImportError: /home/louis/anaconda3/bin/../lib/libreadline.so.6: undefined symbol: PC 

然后当我尝试首先导入 readline 包(因为它似乎与某些包一起工作)时，我得到:

import rpy2.rinterface as rinterface
  File "/home/louis/anaconda3/lib/python3.5/site-packages/rpy2/rinterface/__init__.py", line 92, in <module>
    from rpy2.rinterface._rinterface import (baseenv,
ImportError: /usr/lib/libblas.so.3: undefined symbol: gotoblas

Answer 1

看来我终于成功安装并使用了rpy2。

我做了什么？

我使用 conda 包管理器安装它，而不是 pip。只需 conda install rpy2，我就完成了。