python - 如何将新列表附加到现有 CSV 文件？

Question

我已经使用 CSV 编写器从列表创建了 CSV 文件。我想将通过 for 循环按列创建的另一个列表附加到 CSV 文件。

创建 CSV 文件的第一个代码如下:

with open("output.csv", "wb") as f:
    writer = csv.writer(f)
    for row in zip(master_lst):
        writer.writerow(row)

我使用列表 master_lst 创建了 CSV 文件，输出如下:

read
ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC
ACGGCUACCUUCACUGCCACCC
AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG

然后，我通过 for 循环创建另一个列表 (ind_lst)，并且该列表的内容必须按列附加到上一步中创建的 CSV 文件中。我使用了以下代码:

with open("output.csv", "ab") as f:
    writer = csv.writer(f)
    for row in zip(ind_lst):
        writer.writerow(row)

我得到的输出如下:

read
ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC
ACGGCUACCUUCACUGCCACCC
AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG
sample1
3
3
1
sample2
4
4
1

但是我需要按列输出，如下所示:

read                         sample1     sample2
ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC         3            4
ACGGCUACCUUCACUGCCACCC         3            4
AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG         1            1

我检查了解决方案，但我只能找到按行附加的解决方案，但我需要按列附加它:append new row to old csv file python

我使用writer.writerows而不是writer.writerow，但我收到此错误:

_csv.Error: sequence expected

输出如下:

read
ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC
ACGGCUACCUUCACUGCCACCC
AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG
s                        a   m   p  l  e 1

正如您所看到的，它打印每个单元格中列表的第一个元素，然后因错误而终止。我是 python 的初学者，所以如果有人可以帮助解决这个问题，那就太棒了。

编辑:

master_lst 是使用以下代码创建的:

 infile= open(sys.argv[1], "r")
 lines = infile.readlines()[1:]
 master_lst = ["read"]
 for line in lines:
  line= line.strip().split(',')
  fourth_field = line [3]
  master_lst.append(fourth_field)

ind_lst 是使用以下代码创建的:

for file in files:
 ind_lst = []   
 if file.endswith('.fa'):
  first = file.split(".")
  first_field = first [0]
  ind_lst.append(first_field)
  fasta= open(file)
  individual_dict= {}
  for line in fasta:
   line= line.strip()
   if line == '':
    continue
   if line.startswith('>'):
    header = line.lstrip('>')
    individual_dict[header]= ''
   else:
    individual_dict[header] += line
 for i in master_lst[1:]:
   a = 0
   if key in individual_dict.keys():
     a = individual_dict[key]
   else:
    a = 0
   ind_lst.append(a)

Answer 1

您实际上正在尝试将多个列追加到现有文件中，即使这些新列的数据全部存储在一个列表中。最好以不同的方式排列 ind_lst 中的数据。但由于您尚未展示这是如何完成的，因此下面的代码适用于您问题中的格式。

由于修改 CSV 文件很棘手(因为它们实际上只是文本文件)，因此只需使用合并的数据创建一个新文件，然后重命名该文件以匹配该文件，就会容易得多 删除原始内容后恢复原始内容(现已警告您)。

import csv
from itertools import izip  # Python 2
import os
import tempfile

master_lst = [
    'read',
    'ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC',
    'ACGGCUACCUUCACUGCCACCC',
    'AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG'
]

ind_lst = [
    'sample1',
    '3',
    '3',
    '1',
    'sample2',
    '4',
    '4',
    '1'
]

csv_filename = 'output.csv'

def grouper(n, iterable):
    's -> (s0,s1,...sn-1), (sn,sn+1,...s2n-1), (s2n,s2n+1,...s3n-1), ...'
    return izip(*[iter(iterable)]*n)

# first create file to update
with open(csv_filename, 'wb') as f:
    writer = csv.writer(f)
    writer.writerows(((row,) for row in master_lst))

# Rearrange ind_lst so it's a list of pairs of values.
# The number of resulting pairs should be equal to length of the master_lst.
# Result for example data:  [('sample1', 'sample2'), ('3', '4'), ('3', '4'), ('1', '1')]
new_cols = (zip(*grouper(len(master_lst), ind_lst)))
assert len(new_cols) == len(master_lst)

with open(csv_filename, 'rb') as fin, tempfile.NamedTemporaryFile('r+b') as temp_file:
    reader = csv.reader(fin)
    writer = csv.writer(temp_file)
    nc = iter(new_cols)
    for row in reader:
        row.extend(next(nc))  # add new columns to each row
        writer.writerow(row)
    else:  # for loop completed, replace original file with temp file
        fin.close()
        os.remove(csv_filename)
        temp_file.flush()  # flush the internal file buffer
        os.fsync(temp_file.fileno())  # force writing of all data in temp file to disk
        os.rename(temp_file.name, csv_filename)

print('done')

创建后更新的文件内容:

read,sample1,sample2
ACACCUGGGCUCUCCGGGUACC,3,4
ACGGCUACCUUCACUGCCACCC,3,4
AGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUG,1,1