python - 在特定行Python之后添加一些内容

Question

我试图在输出文件中的特定残基编号后的一行后写入“TER”(与引用文件中的残基编号相匹配)。该代码没有给我任何错误，但仅从 infile 复制并且不添加该单词。当尝试在一些代码后打印时，我认为当我尝试在输出文件中搜索时它会中断。

这就是一部分。另一个是我如何确保仅在最后一个残基编号之后添加单词“TER”(它们在彼此下方的行中有不同数量，我只想在最后一个残基之后添加它们)。这是我的代码:

import sys
import argparse

def main(argv):
    parser = argparse.ArgumentParser(description='Read SSBOND directives from a PDB, and generate corresponding CONECT records')
    parser.add_argument('infile', help='input file (PDB format)')
    parser.add_argument('outfile', help='output file (PDB format)')
    parser.add_argument('reference', help =' ref')
    args = parser.parse_args()

    resnum_1 =[]
    res = []

    with open(args.infile, "r") as f, open(args.outfile, "w+") as of, open(args.reference,"r") as rf:
        for line in rf:
            if line[0:4] == "TER ":
                resnum = line[22:27]
                resname = line[17:20]
                chain = line[21]
                resnum_1.append(resnum)

                for line in f:
                    of.write(line)

            for line in of:
                if line[0:6] == "ATOM  ":
                    resnum_fo = line[22:27]
                    resname_fo = line[17:19]
                    chain_fo = line[21]
                    res.append(resnum_fo)


                    if resnum in resnum_1 and resnum_fo in res:
                        of.write("TER\n")

if __name__ == "__main__":
    main(sys.argv)

非常感谢!

文件如下所示:

ATOM      0  HB2 CYX D 452      45.962  -2.641 -17.575  1.00  0.00  
ATOM      0  HB3 CYX D 452      46.188  -2.186 -19.050  1.00  0.00  
TER     995      CYX D 452  
ATOM    995  N   ARG D 492      42.476  10.547 -39.562  1.00  0.00  

Answer 1

几点/猜测:

• 您将 of 打开为 w+，但随后又执行 for line in of:。您指的是f吗？ (我建议一些更具描述性的名称)

• 您似乎检查了“ATOM”(注意2个空格)。从你的文件来看，它应该只有 1 个空格。

为了摆脱空格问题，我建议您使用split:

 "one two three".split()
 ['one', 'two', 'three']

因此，对于您的情况，请使用:

for line in rf:
    contents = line.split()
    if contents[0] == "TER":
        ...


for line in f:
    contents = line.split()
    if contents[0] == "ATOM":
        ...