python - 将特定行从 CSV 文件迭代复制到新文件

Question

我有一个很大的制表符分隔的 csv 文件，格式如下:

#mirbase_acc    mirna_name  gene_id gene_symbol transcript_id   ext_transcript_id   mirna_alignment gene_alignment  mirna_start mirna_end   gene_start  gene_end    genome_coordinates  conservation    align_score seed_cat    energy  mirsvr_score

我希望能够做的是遍历行并根据“gene_id”字段中的数据(字符串)选择项目，然后将这些行复制到新文件。

我是一个 python 菜鸟，我认为这是让我的脚湿润的好方法，但它比看起来更难!我一直在尝试使用 csv 包来操作文件，使用 dictreader 和 dictwriter 读取和写入基本内容。如果有人能帮我想出一个迭代搜索方面的模板，我将感激不尽。到目前为止，我有:

import csv

f = open("C:\Documents and Settings\Administrator\Desktop\miRNA Scripting\mirna_predictions_short.txt", "r")
reader = csv.DictReader(f, delimiter='\t')
writer = open("output.txt",'wb')
writer = csv.writer(writer, delimiter='\t')

然后是迭代位，blurgh:

for row in reader:
    if reader.gene_id == str(CG11710):
        writer.writerow

这显然行不通。关于更好的结构方式有什么想法吗？？

Answer 1

你快到了!代码几乎是正确的:)

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访问字典是这样的:

some_dict['some_key']

代替:

some_object.some_attribute

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创建字符串不是用 str(...) 完成的，而是用 CG11710 这样的引号完成的

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在你的情况下:

for row in reader:
    if row['gene_id'] == 'CG11710':
        writer.writerow(row)