python - 如何通过BioPython自动将PMC全文保存到磁盘？

Question

有没有办法下载并保存Entrez模块返回到本地磁盘的XML文件？我目前正在做的是:

fetch = Entrez.efetch(db='pmc',
                     resetmode='xml',
                     id=ids,
                     rettype='full')
article =  fetch.read()

然后通过Python的write函数将article(即str对象)保存为xml文件。

BioPython 是否提供了自动将文件下载到磁盘上的方法？

Answer 1

我不认为 Biopython 提供了执行此操作的方法，但它不需要这样做，因为您无需先保存到字符串即可执行此操作:

fetch = Entrez.efetch(db='pmc',
                 resetmode='xml',
                 id=ids,
                 rettype='full')

with open('fileNameToSave.xml', 'w') as f:
    f.write(fetch.read())

正如 Chris_Rands 在评论中指出的那样，另一种方法是直接通过 URL 获取文件:

https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=protein&id=15718680