python - 在python中解析文件并修改字符串

Question

我有一个基因库文件 .gbk，我想从中提取某些基因。我的问题如下:为了处理该文件，每个位置的 header 必须采用特定格式，而它不在我的文件中。我想解析文件并替换标题，如下所示:

LOCUS       NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

LOCUS       NODE_2_length_278889_cov_17.85545278889 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

LOCUS       NODE_3_length_340008_cov_17.855432340008 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....

以 NODE 开头的字符串对于文件格式约定来说太长，需要替换，如下所示:

LOCUS       NODE_1_393688 bp   DNA linear
....
LOCUS       NODE_2_278889 bp   DNA linear
....
LOCUS       NODE_3_340008 bp   DNA linear

需要剪切的部分不需要具有相同的长度，因此删除字符串某些位置之间的所有内容的固定方法是不可行的。我尝试了使用 re.compile() 和 r.sub() 的不同方法，但到目前为止尚未成功。

任何帮助将不胜感激。感谢您的宝贵时间!

Answer 1

当您读取第一行时，您可以读取字段并标准化“节点”字段，如下所示:

import operator

def normalize_name(name):
    parts = name.split("_")
    return "_".join(operator.itemgetter(0, 1, 3)(parts))

它将字段名称分成几部分；你会得到一个 list 。然后，应用于零件的 operator.itemgetter(0, 1, 3) 函数将提取索引 0、1 和 3 处的项目，跳过 2。 p>

例如:

for name in [
    "NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688",
    "NODE_2_length_278889_cov_17.85545278889",
    "NODE_3_length_340008_cov_17.855432340008"
    ]:
    print(normalize_name(name))

你得到:

NODE_1_393688
NODE_2_278889
NODE_3_340008

演示

import operator
import textwrap


get_parts = operator.itemgetter(0, 1, 3)


def normalize_name(name):
    parts = name.split("_")
    return "_".join(get_parts(parts))


def normalize_header(header):
    fields = header.split()
    fields[1] = normalize_name(fields[1])
    return "{0:<11} {1} {2:<4} {3} {4}".format(*fields)


content = textwrap.dedent("""\
LOCUS       NODE_1_length_393688_cov_17.8554393688 bp   DNA linear
BCT22-MAY-2017
DEFINITION  Escherichia coli strain strain.
ACCESSION   
VERSION
KEYWORDS    .
SOURCE      Escherichia coli
  ORGANISM  Escherichia coli
            Bacteria; Proteobacteria; gamma subdivision; Enterobacteriaceae;
            Escherichia.
....
>>Gene data here
....
""")

for line in content.splitlines():
    if line.startswith("LOCUS"):
        line = normalize_header(line)
    print(line)