python - 使用 NcbiblastxCommandline 自定义 blast 数据库

Question

这是我第一次在 biopython 中使用 blast，我遇到了问题。

我使用包含 20 个序列的 fasta 文件创建了一个自定义 blast 数据库:

os.system('makeblastdb -in newtest.fasta -dbtype nucl -out newtest.db')

这确实在我当前工作的当前目录中生成了几个文件(newtest.db.nhr、newtest.db.nin、newtest.db.nsq):(/home/User/Documents/python/fasta 文件)

现在我正在尝试使用以下方法在 biopython 中查询此数据库:

blastx_cline = NcbiblastxCommandline(query="queryfile.fas", db="newtest.db", evalue=0.00000001, outfmt=5, out="opuntia.xml")

但是我收到了这个错误:

> Bio.Application.ApplicationError: Command 'blastx -out opuntia.xml
> -outfmt 5 -query queryfile.fas -db newtest.db -evalue 1e-08' returned non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: No alias or
> index file found for protein database [newtest.db] in search path
> [/home/User/Documents/python/fasta-files:/usr/share/ncbi/blastdb:]'

所以我尝试将从 /home/User/Documents/python/fasta-files 生成的文件复制到 /usr/share/ncbi/blastdb 但它说我没有权限。

*编辑*

当我使用:os.system("blastn -db newtest.db -query "fastafile.fas"+ "-out test.txt")它正常工作生成一个输出文件。但反之则不然**

所以我被困在这里，我不知道如何解决这个问题。

任何帮助将不胜感激

Answer 1

注意报错信息中的protein database这句，newtest.db是nucl数据库。

在搜索路径中找到蛋白质数据库 [newtest.db] 的索引文件

所以 blastx 需要一个蛋白质数据库。这不是很明显吗？ :-)

如果您不是故意这样做的，您应该通过添加“cmd='blastn'”来指定要使用的 BLAST 程序。所以，这样更好:

blastx_cline = NcbiblastxCommandline(cmd='blastn', query="queryfile.fas", db="newtest.db", evalue=0.00000001, outfmt=5, out="opuntia.xml")