python - 错误 : command 'gcc' failed with exit status 1 installing Fatiando (Python Package)

Question

我正在尝试安装 fatiando，这是一个用于 Python 的地球物理建模包。我有一台装有 OS X v10.9.5 的 Mac。我按照 package site 上建议的推荐安装获得了 Fatiando(通过 Anaconda)的所有依赖项。 .我安装了 Xcode。

我得到警告列表和最终错误消息:

    fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^

    1 warning and 1 error generated.

    error: command 'gcc' failed with exit status 1

    ----------------------------------------
    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-CY4vyX-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-QFjo6d-build
Macintosh-5:fatiando matteoniccoli$ 

可以找到完整的终端输出(1100 多行)here .

我已经联系了开发人员，这似乎不是 Fatiando 的问题。

有什么建议吗？

更新，3 月 15 日

当我第一次发布这个时我没有 Xcode，然后我从苹果商店下载了最新的 Xcode。再次尝试，收到相同的消息。然后我读了this并从 here 下载 gcc ，并直接安装。当我在终端上键入:gcc --version 时，我得到了这个:i686-apple-darwin11-llvm-gcc-4.2 (GCC) 4.2.1(基于 Apple Inc. build 5658 ) (LLVM 内部版本 2335.15.00)不过在那之后，我仍然收到类似的消息。在另一个 stackoverflow 领导之后，我尝试从 here 安装 setuptools使用 curl https://bootstrap.pypa.io/ez_setup.py -o - | Python现在，当我尝试安装 fatiando 时，我得到了一个不同的错误(在长输出的最后):

fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

    #include "omp.h"

             ^  

    1 warning and 1 error generated.  

    error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

    ----------------------------------------

    Command "//anaconda/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-9wI6Z7-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in /private/var/folders/32/mwq0jhwd3dx7vjqmm8hkljp80000gn/T/pip-build-m1ieVO/fatiando

论坛上有人通过电子邮件问我:Re Fatiando，你安装 Xcode 命令行工具了吗？例如看到这个 http://railsapps.github.io/xcode-command-line-tools.html

但是当我尝试验证我是否已按照那里的建议成功安装了 Xcode 命令行工具时，我明白了，所以我认为这不是问题所在:

-bash: /Library/Developer/CommandLineTools: is a directory

3 月 16 日更新Leo Uieda 建议的尝试过的解决方案。

pip install --升级 https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip 没有问题，但是

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip 让我回到方格 1:

...
...    
fatiando/gravmag/_polyprism.c:349:10: fatal error: 'omp.h' file not found

        #include "omp.h"

                 ^

        1 warning and 1 error generated.

        error: command '/usr/bin/clang' failed with exit status 1

        ----------------------------------------
        Rolling back uninstall of fatiando

Answer 1

这是 Fatiando 安装的一个非常常见的问题，特别是在 Windows 和 Mac 上。 OpenMP 是在 PR 106 中引入的对于 fatiando.gravmag 正向建模模块。它很容易实现(只需将 range(ndata) 替换为 prange(ndata))，并导致顺序执行速度提高 1.5-2 倍。此外，并行执行是自动的。所以这在当时似乎是一个很好的权衡(“只需安装一个额外的依赖项？会出什么问题？”)。

当 Anaconda gcc 和默认的 Mac gcc 没有随 OpenMP 一起提供时，问题就开始了。因此，Windows 用户必须安装额外的依赖项(按照非常特定的顺序，就像撒旦仪式一样)，而 Mac 用户必须自己解决。

OpenMP 和已编译的 Cython 模块正在从 Fatiando (#169) 中移除，优先于 multiprocessing 和 numba。这将使它成为一个纯 Python 包(无需编译)并且应该解决大部分安装问题。

与此同时，PR 177从 Cython 模块中删除了 OpenMP 要求。这应该可以解决您当前的安装问题。要立即获得更改，您可以通过运行以下命令从 kill-omp 分支安装版本:

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/kill-omp.zip

如果上述命令不起作用，则说明拉取请求已合并到项目的主分支(master)中。如果是这种情况，您可以从 master 分支安装最新版本:

pip install --upgrade https://github.com/fatiando/fatiando/archive/master.zip

这些更改将包含在未来的 v0.4 版本中。希望这能解决您的问题。