python - 使用 python 格式解析 BLAST.xml 需要小写字符串

Question

返回值错误:searchIO_utils.py 的 get_processor 中第 25 行需要格式(小写字符串)。
AtCBL1_CDS.txt 是一个包含 fasta 格式的蛋白质序列的文件。
我想知道如何正确访问我的 BLAST 输出。

from Bio.Blast import NCBIWWW
from Bio.Blast import NCBIXML
from Bio import SearchIO
#open query file as fasta_file
fasta_file= open("AtCBL1_CDS.txt").read()

#set up blast parameters
result = NCBIWWW.qblast ("blastp", "prot", fasta_file)


#run and create my_blast as output file
with open("my_blast.xml", "w") as out_handle:
    out_handle.write(result.read())

#close file
result.close()
out_handle.close()

result_handle=open("my_blast.xml")

blastp_result=SearchIO.read(result_handle)
print(blastp_result)

Answer 1

SearchIO.read 的第二个参数应该是小写的 format 参数:

• 格式 - 表示支持的格式之一的小写字符串。例如用于 XMLblast 格式的 blast-xml。

在您的情况下，该行应为:

blastp_result=SearchIO.read(result_handle,'blast-xml')