python - 将一组图像拼接在一起的最pythonic方式

Question

我有一组来自自动显微镜程序的图像，该程序从 96 孔板获取图像(下图)。每张图片命名为:

<Well name>_s<site number>.tif

96孔板的每个孔进一步分割为位点，位点按X×Y矩阵排列，数字逐行排列(下图)。

例如，96 孔板左上孔第 (10,9) 个位点的图像将命名为 A01_s90.tif .

将图像拼接在一起的最 Pythonic 方式是什么？我目前正在使用 OpenCV 加载图像并调用 numpy.concatenate在四个for循环，但这看起来很笨重。

Answer 1

类似于下面的代码？我假设问题出在缝合上，而不是文件名和井/站点索引之间的转换。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

img_ysize, img_xsize = 20, 20 # size of single image
my, mx = 10, 10 # x/y grid of sites per well
ny, nx = 8, 12 # x/y grid of wells per plate
wgap = 20 # pixels gap between wells
stitched_x, stitched_y = (wgap+mx*img_xsize)*nx, (wgap+my*img_ysize)*ny

img_stitched = np.zeros((stitched_y, stitched_x), dtype=np.uint8)

def add_img(mxi, myi, nxi, nyi, img):
    assert img.shape == (img_ysize, img_xsize)
    xi = nxi*(mx*img_xsize + wgap) + mxi*img_xsize
    yi = nyi*(my*img_ysize + wgap) + myi*img_ysize
    img_stitched[yi:yi+img_ysize,xi:xi+img_xsize] = img

for nxi in range(nx):
    for nyi in range(ny):
        for mxi in range(mx):
            for myi in range(my):
                # ... get image data
                img = np.random.randint(0,255) * np.ones((img_ysize, img_xsize), dtype=np.uint8)
                add_img(mxi, myi, nxi, nyi, img)

plt.imshow(img_stitched)
plt.colorbar()
plt.show()