python - conda，Linux CentOS 7 上的 "Solving environment: failed"错误

Question

我通过Miniconda安装了Conda在我运行 Linux CentOS 7 的笔记本电脑上。

如果我运行命令 conda update conda，我会收到以下错误:

conda update conda
Solving environment: failed

NotWritableError: The current user does not have write permissions to a required path.
  path: /path/to/custom/dir/pkgs/urls.txt
  uid: 1000
  gid: 1000

If you feel that permissions on this path are set incorrectly, you can manually
change them by executing

  $ sudo chown 1000:1000 /path/to/custom/dir/pkgs/urls.txt

In general, it's not advisable to use 'sudo conda'.

我不知道如何解决这个问题；我还问过Bioconda GitHub page但没有人回复。

关于如何解决这个问题有什么建议吗？谢谢

Answer 1

这在 conda 问题 #7267 ( https://github.com/conda/conda/issues/7267 ) 中进行了讨论。

您可能已使用 sudo 登录，例如 sudo -u davide bash？

如果是这样，则以下命令将显示 SUDO_COMMAND 作为用于成为用户的命令，以及 SUDO_USER、SUDO_UID 和 SUDO_GID:

$ set | grep SUDO

您可以使用 sudo su - davide 来获取没有 SUDO 定义的干净上下文。

我在通过 ansible 管理共享 conda 环境时遇到了同样的问题。我的解决方案是使用以下内容作为 conda 包所有者进行操作:

- name: update conda environment
  command: conda update -y --all
  become: yes
  become_user: conda
  become_method: su

在集群上共享 anaconda 安装是否是一个好主意是一个单独的问题。