python - 从 AllenSDK 运行 Cell Types 笔记本时出现类型错误

Question

我正在运行 cell types notebook 的第一行:

sweep_number = 30
sweep_data = data_set.get_sweep(sweep_number)

我收到此错误:

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TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-1ff88b13fc24> in <module>()
      4 
      5 sweep_number = 30
----> 6 sweep_data = data_set.get_sweep(sweep_number)
      7 

C:\ProgramData\Anaconda3\lib\site-packages\allensdk\core\nwb_data_set.py in get_sweep(self, sweep_number)
    112                 unit = stimulus_dataset.attrs["unit"]
    113                 unit_str = None
--> 114                 if unit.startswith('A'):
    115                     unit_str = "Amps"
    116                 elif unit.startswith('V'):

TypeError: startswith first arg must be bytes or a tuple of bytes, not str

Answer 1

您看到的错误是由于 unit 变量是字节文字而 allensdk 尝试使用其上有绳子。这是行不通的，但这不是你的错。这是从 Python 2 迁移到 Python 3(引入了 bytes 类型；有关详细信息，请参阅 here )时的常见错误。我猜测您正在运行 Python 3，这会导致错误，因为 allensdk 无法在此处处理字节。

要解决此问题，您必须安装 Python 2，因为您使用的是 conda，请创建一个使用 Python 2 的环境。可以按如下方式完成:

> conda create -n py2allen python=2.7
> activate py2allen
(py2allen)> pip install allensdk
(py2allen)> jupyter notebook

更多信息可参见here 。如果某些要求没有找到，您可以尝试手动安装。