python - 使用 scipy.weave.inline 时出错

Question

我正在使用多种技术(NumPy、Weave、Cython、Numba)来执行 Python 性能基准。该代码采用两个大小为 NxN 的 numpy 数组并将它们按元素相乘并将值存储在另一个数组 C 中。

我的 weave.inline() 代码给我一个 scipy.weave.build_tools.CompileError。我创建了一段生成相同错误的极简代码。有人可以帮忙吗？

import time

import numpy as np
from scipy import weave
from scipy.weave import converters


def benchmark():

    N = np.array(5000, dtype=np.int)

    A = np.random.rand(N, N)
    B = np.random.rand(N, N)
    C = np.zeros([N, N], dtype=float)

    t = time.clock()
    weave_inline_loop(A, B, C, N)
    print time.clock() - t


def weave_inline_loop(A, B, C, N):
    code = """
           int i, j;
           for (i = 0; i < N; ++i)
           {
               for (j = 0; j < N; ++j)
               {
                   C(i, j) = A(i, j) * B(i, j);
               }
           }
           return_val = C;
           """
    C = weave.inline(code, ['A', 'B', 'C', 'N'], type_converters=converters.blitz, compiler='gcc')

benchmark()

Answer 1

需要三个小改动:

• N不能是 0D-numpy 数组(它必须是整数，以便 i < N 在 C 代码中工作)。你应该写 N = 5000而不是 N = np.array(5000, dtype=np.int) .

• C数组正在就地修改，因此不必返回。我不知道对对象种类的限制比 return_val可以处理，但如果您尝试保留 return_val = C;编译失败:don't know how to convert ‘blitz::Array<double, 2>’ to ‘const py::object&’ .

• 之后，weave.inline返回 None .保持分配 C = weave.inline(...使代码看起来很困惑，即使它工作正常并且数组名为 C将结果保存在 benchmark 中范围。

这是最终结果:

import time
import numpy as np
from scipy import weave
from scipy.weave import converters


def benchmark():
    N = 5000

    A = np.random.rand(N, N)
    B = np.random.rand(N, N)
    C = np.zeros([N, N], dtype=float)

    t = time.clock()
    weave_inline_loop(A, B, C, N)
    print time.clock() - t


def weave_inline_loop(A, B, C, N):
    code = """
           int i, j;
           for (i = 0; i < N; ++i)
           {
               for (j = 0; j < N; ++j)
               {
                   C(i, j) = A(i, j) * B(i, j);
               }
           }
           """
    weave.inline(code, ['A', 'B', 'C', 'N'], type_converters=converters.blitz, compiler='gcc')