python - 顺序排列

Question

我正在尝试编写一个 Python 函数来执行类似于 itertools.permutation 的功能。

import itertools
for s in itertools.permutations("TCGA****")
    print s

这样一个函数的理想输出是

('*','*','*','*','T', 'C','G','A')
('*','*','*','T','*', 'C','G','A')
('*','*','*','T','C', '*','G','A')
('*','*','*','T','C', 'G','*','A')
('*','*','*','T','C', 'G','A','*')
('*','*','T','C','G', 'A','*','*')
('*','*','T','C','G', '*','*','A')
('*','*','T','C','*', '*','G','A')
...
('T', 'C','G','A','*','*','*','*')

itertools.permutation 与此函数之间的唯一区别是顺序保持不变，即“T”始终在“C”之前，“C”在“G”之前，“G”在“A”之前。

下面是一个违反这个规则的例子

('*','*','T','*','G','C','A','*','*')

“C”和“G”的顺序发生了变化。

如何生成在星号中保持顺序 'TCGA' 的排列？

Answer 1

一个想法是为您的 '*' 值生成所有可能的索引 itertools.combinations在您的列表索引范围内，然后根据这些索引构建每个可能的排列，相应地为每个组合中未找到的索引填充您的 'TCGA' 值。

因为您确信在每次迭代中使用所有的 TCGA，itertools.cycle是持续获取下一个位置的适当值的一种方法。这里 perms 被实现为一个生成器以允许惰性评估。

from itertools import combinations, cycle

char_cyc = cycle('TCGA')
combos = combinations(range(8), 4)

perms = (['*' if i in combo else next(char_cyc) for i in range(8)]
         for combo in combos)

print(list(perms))

输出:

[['*', '*', '*', '*', 'T', 'C', 'G', 'A'], ['*', '*', '*', 'T', '*', 'C', 'G', 'A'], ['*', '*', '*', 'T', 'C', '*', 'G', 'A'], ['*', '*', '*', 'T', 'C', 'G', '*', 'A'], ['*', '*', '*', 'T', 'C', 'G', 'A', '*'], ['*', '*', 'T', '*', '*', 'C', 'G', 'A'], ['*', '*', 'T', '*', 'C', '*', 'G', 'A'], ['*', '*', 'T', '*', 'C', 'G', '*', 'A'], ['*', '*', 'T', '*', 'C', 'G', 'A', '*'], ['*', '*', 'T', 'C', '*', '*', 'G', 'A'], ['*', '*', 'T', 'C', '*', 'G', '*', 'A'], ['*', '*', 'T', 'C', '*', 'G', 'A', '*'], ['*', '*', 'T', 'C', 'G', '*', '*', 'A'], ['*', '*', 'T', 'C', 'G', '*', 'A', '*'], ['*', '*', 'T', 'C', 'G', 'A', '*', '*'], ['*', 'T', '*', '*', '*', 'C', 'G', 'A'], ['*', 'T', '*', '*', 'C', '*', 'G', 'A'], ['*', 'T', '*', '*', 'C', 'G', '*', 'A'], ['*', 'T', '*', '*', 'C', 'G', 'A', '*'], ['*', 'T', '*', 'C', '*', '*', 'G', 'A'], ['*', 'T', '*', 'C', '*', 'G', '*', 'A'], ['*', 'T', '*', 'C', '*', 'G', 'A', '*'], ['*', 'T', '*', 'C', 'G', '*', '*', 'A'], ['*', 'T', '*', 'C', 'G', '*', 'A', '*'], ['*', 'T', '*', 'C', 'G', 'A', '*', '*'], ['*', 'T', 'C', '*', '*', '*', 'G', 'A'], ['*', 'T', 'C', '*', '*', 'G', '*', 'A'], ['*', 'T', 'C', '*', '*', 'G', 'A', '*'], ['*', 'T', 'C', '*', 'G', '*', '*', 'A'], ['*', 'T', 'C', '*', 'G', '*', 'A', '*'], ['*', 'T', 'C', '*', 'G', 'A', '*', '*'], ['*', 'T', 'C', 'G', '*', '*', '*', 'A'], ['*', 'T', 'C', 'G', '*', '*', 'A', '*'], ['*', 'T', 'C', 'G', '*', 'A', '*', '*'], ['*', 'T', 'C', 'G', 'A', '*', '*', '*'], ['T', '*', '*', '*', '*', 'C', 'G', 'A'], ['T', '*', '*', '*', 'C', '*', 'G', 'A'], ['T', '*', '*', '*', 'C', 'G', '*', 'A'], ['T', '*', '*', '*', 'C', 'G', 'A', '*'], ['T', '*', '*', 'C', '*', '*', 'G', 'A'], ['T', '*', '*', 'C', '*', 'G', '*', 'A'], ['T', '*', '*', 'C', '*', 'G', 'A', '*'], ['T', '*', '*', 'C', 'G', '*', '*', 'A'], ['T', '*', '*', 'C', 'G', '*', 'A', '*'], ['T', '*', '*', 'C', 'G', 'A', '*', '*'], ['T', '*', 'C', '*', '*', '*', 'G', 'A'], ['T', '*', 'C', '*', '*', 'G', '*', 'A'], ['T', '*', 'C', '*', '*', 'G', 'A', '*'], ['T', '*', 'C', '*', 'G', '*', '*', 'A'], ['T', '*', 'C', '*', 'G', '*', 'A', '*'], ['T', '*', 'C', '*', 'G', 'A', '*', '*'], ['T', '*', 'C', 'G', '*', '*', '*', 'A'], ['T', '*', 'C', 'G', '*', '*', 'A', '*'], ['T', '*', 'C', 'G', '*', 'A', '*', '*'], ['T', '*', 'C', 'G', 'A', '*', '*', '*'], ['T', 'C', '*', '*', '*', '*', 'G', 'A'], ['T', 'C', '*', '*', '*', 'G', '*', 'A'], ['T', 'C', '*', '*', '*', 'G', 'A', '*'], ['T', 'C', '*', '*', 'G', '*', '*', 'A'], ['T', 'C', '*', '*', 'G', '*', 'A', '*'], ['T', 'C', '*', '*', 'G', 'A', '*', '*'], ['T', 'C', '*', 'G', '*', '*', '*', 'A'], ['T', 'C', '*', 'G', '*', '*', 'A', '*'], ['T', 'C', '*', 'G', '*', 'A', '*', '*'], ['T', 'C', '*', 'G', 'A', '*', '*', '*'], ['T', 'C', 'G', '*', '*', '*', '*', 'A'], ['T', 'C', 'G', '*', '*', '*', 'A', '*'], ['T', 'C', 'G', '*', '*', 'A', '*', '*'], ['T', 'C', 'G', '*', 'A', '*', '*', '*'], ['T', 'C', 'G', 'A', '*', '*', '*', '*']]

---

perms 的长度为 70，等于 8C4(或“8 选择 4”)，这是输出正确的一个很好的指示。这实际上是您的问题所关注的。