python - 使用 rpy2 将二维 numpy 数组保存为 R 文件格式

Question

这是一个初学者的问题，但是如何使用 rpy2 将 2d numpy 数组保存到(压缩的)R 格式的文件中？明确地说，我想将它保存在 rpy2 中，然后使用 R 读取它。我想避免使用 csv，因为数据量会很大。

Answer 1

看起来你想要 save command .我会使用 pandas R interface并执行如下操作。

import numpy as np
from rpy2.robjects import r
import pandas.rpy.common as com
from pandas import DataFrame
a = np.array([range(5), range(5)])
df = DataFrame(a)
df = com.convert_to_r_dataframe(df)
r.assign("foo", df)
r("save(foo, file='here.gzip', compress=TRUE)")

不过，可能还有更优雅的方法。我愿意接受更好的建议。以上，在 R 中将被使用:

> load("here.gzip")
> foo
  X0 X1 X2 X3 X4
0  0  1  2  3  4
1  0  1  2  3  4

您可以绕过 pandas 的使用并使用 numpy2ri来自 rpy2。像这样:

from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.numpy2ri import numpy2ri
a = np.array([[i*2147483647**2 for i in range(5)], range(5)], dtype="uint64")
a = np.array(a, dtype="float64") # <- convert to double precision numeric since R doesn't have unsigned ints
ro = numpy2ri(a)
r.assign("bar", ro)
r("save(bar, file='another.gzip', compress=TRUE)")

在 R 中然后:

> load("another.gzip")
> bar
     [,1]         [,2]         [,3]         [,4]         [,5]
[1,]    0 4.611686e+18 9.223372e+18 1.383506e+19 1.844674e+19
[2,]    0 1.000000e+00 2.000000e+00 3.000000e+00 4.000000e+00