python - 将 for 循环的输出保存到文件

Question

我打开了一个包含 blast 结果的文件，并在屏幕上以 fasta 格式打印出匹配项。

代码如下所示:

result_handle = open("/Users/jonbra/Desktop/my_blast.xml")

from Bio.Blast import NCBIXML
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
for alignment in blast_record.alignments:
    for hsp in alignment.hsps:
        print '>', alignment.title
        print hsp.sbjct

这会将 fasta 文件列表输出到屏幕。但是我怎样才能创建一个文件并将 fasta 输出保存到这个文件中呢？

更新:我想我必须用 something.write() 替换循环中的 print 语句，但是我们写的 '>', alignment.title 会怎样？

Answer 1

首先，创建一个文件对象:

f = open("myfile.txt", "w") # Use "a" instead of "w" to append to file

您可以打印到文件对象:

print >> f, '>', alignment.title
print >> f, hsp.sbjct 

或者你可以写信给它:

f.write('> %s\n' % (alignment.title,))
f.write('%s\n' % (hsp.sbjct,))

然后你就可以关闭它了:

f.close()