python - 开始使用 PYMC 进行线性回归

Question

我想我会从这个例子开始: http://www.databozo.com/2014/01/17/Exploring_PyMC3.html

但是当我使用 pymc 2.3 精确地遵循示例时，我得到一个退出并告诉我 API 已经改变用户警告:MCMC() 语法已弃用。请通过 M = MCMC(input) 显式传入节点。 'MCMC() 语法已弃用。请通过 M = MCMC(input).') 显式传递节点，但我不知道如何更改示例以准确提供模型函数的内容以及如何处理“with”子句？

有问题的代码是:

%pylab inline
import scipy
import numpy as np
x = np.array(range(0,50))
y = np.random.uniform(low=0.0, high=40.0, size=200)
y = map((lambda a: a[0] + a[1]), zip(x,y))

import matplotlib.pyplot as plt
plt.scatter(x,y)

上面的示例数据生成器工作正常

import pymc as pm
import numpy as np

trace = None
with pm.Model() as model:         <<<<<<indicated as the error line
    alpha = pm.Normal('alpha', mu=0, sd=20)
    beta = pm.Normal('beta', mu=0, sd=20)
    sigma = pm.Uniform('sigma', lower=0, upper=20)

    y_est = alpha + beta * x

    likelihood = pm.Normal('y', mu=y_est, sd=sigma, observed=y)

    start = pm.find_MAP()
    step = pm.NUTS(state=start)
    trace = pm.sample(2000, step, start=start, progressbar=False)

    pm.traceplot(trace);

Answer 1

包作者@fonnesbeck 告诉我，我需要来自 Github 的开发版本 3，而不是 pypi 版本 2.3。通过 github 安装了它，我很高兴。开源很棒!