python - 可执行的 Snakefile

Question

几年前得知我可以使用 shebang 制作 Makefile 可执行文件时，我非常高兴:

#!/usr/bin/env make -f

这样我就可以使用 ./my-pipeline 而不是 make -f my-pipeline 来调用我的工作流。

从那以后，在分析工作流程方面，我开始更喜欢 Snakemake 而不是 GNU Make。有没有一种简单的方法可以用 Snakemake 实现类似的行为？

Answer 1

根据您的平台以及您是否需要传递额外的参数，您可以轻松地做到这一点，或者做一些 hacky 来让它工作。

如果

#!/usr/bin/env make -f

对你有用，这太棒了，因为它意味着你可以通过 shebang 传递任意多个参数(例如，如果你在 MacOS 上，这可能有效)。所以你应该只能说:

#!/usr/bin/env snakemake -s

这里的技巧是，你当前正在执行的脚本的文件名将作为最后一个参数传递给你在 shebang 行中调用的任何内容，因此该行将使用文件本身作为输入来运行 snakemake，无论它叫什么(即它不必被称为 Snakefile)。

对我来说，这行不通，因为我只能通过我的 Linux 系统上的 shebang 行传递一个参数。如果我知道 snakemake 的路径，而且我不需要指定额外的命令行参数，我仍然可以让它像这样工作:

#!/usr/local/bin/snakemake -s

如果您需要做任何更复杂或跨平台的事情，这可能是一个不错的起点:How to use multiple arguments for awk with a shebang (i.e. #!)?