Python - 嵌套字典。错误在哪里？

Question

我有一个 CSV 文件，我已将其过滤到列表中并分组。示例:

     52713
     ['52713', '', 'Vmax', '', 'Start Value', '', '\n']
     ['52713', '', 'Vmax', '', 'ECNumber', '1.14.12.17', '\n']
     ['52713', 'O2', 'Km', 'M', 'Start Value', '3.5E-5', '\n']
     ['52713', 'O2', 'Km', 'M', 'ECNumber', '1.14.12.17', '\n']
     52714
     ['52714', '', 'Vmax', '', 'Start Value', '', '\n']
     ['52714', '', 'Vmax', '', 'ECNumber', '1.14.12.17', '\n']
     ['52714', 'O2', 'Km', 'M', 'Start Value', '1.3E-5', '\n']
     ['52714', 'O2', 'Km', 'M', 'ECNumber', '1.14.12.17', '\n']

据此，我创建了一个具有以下结构的嵌套字典:

   dict = ID number:{Km:n, Kcat:n, ECNumber:n}

...对于列表中的每个 ID。

我使用下面的代码来创建这个字典

    dict = {}

    for key, items in groupby(FilteredTable1[1:], itemgetter(0)):
        #print key
        for subitem in items:
            #print subitem
            dict[subitem[EntryID]] = {}
            dict[subitem[EntryID]]['EC'] = []
            dict[subitem[EntryID]]['Km'] = []
            dict[subitem[EntryID]]['Kcat'] = []
            if 'ECNumber' in subitem:
                dict[subitem[EntryID]]['EC'] = subitem[value]

            if 'Km' in subitem and 'Start Value' in subitem:
                dict[subitem[EntryID]]['Km'] = subitem[value]
                #print subitem

这适用于 ECNumber 值，但不适用于 Km 值。它可以打印该行，表明它已将 Km 值标识为存在，但不会将其放入字典中。

示例输出:

    {'Km': [], 'EC': '1.14.12.17', 'Kcat': []}

有什么想法吗？

本

Answer 1

问题是您的内部 for 循环不断重新初始化 dict[subitem[EntryID]]，即使它可能已经存在。通过显式检查它是否已经存在，已在以下内容中修复:

dict = {}

for key, items in groupby(FilteredTable1[1:], itemgetter(0)):
    #print key
    for subitem in items:
        #print ' ', subitem
        if subitem[EntryID] not in dict:
            dict[subitem[EntryID]] = {}
            dict[subitem[EntryID]]['EC'] = []
            dict[subitem[EntryID]]['Km'] = []
            dict[subitem[EntryID]]['Kcat'] = []

        if 'ECNumber' in subitem:
            dict[subitem[EntryID]]['EC'] = subitem[value]

        if 'Km' in subitem and 'Start Value' in subitem:
            dict[subitem[EntryID]]['Km'] = subitem[value]
            #print subitem

但是，可以通过使用类似以下的内容来使此代码更高效，从而避免重新计算值和双重字典查找。它也不使用内置类型的名称作为变量名称，这违反了 PEP8 - Style Guide for Python Code 中给出的指南。 .它还建议仅对类名使用 CamelCase，而不是像 FilteredTable1 这样的变量名——但我没有改变这一点。

adict = {}

for key, items in groupby(FilteredTable1[1:], itemgetter(0)):
    #print key
    for subitem in items:
        #print ' ', subitem
        entry_id = subitem[EntryID]
        if entry_id not in adict:
            adict[entry_id] = {'EC': [], 'Km': [], 'Kcat': []}

        entry = adict[entry_id]
        if 'ECNumber' in subitem:
            entry['EC'] = subitem[value]

        if 'Km' in subitem and 'Start Value' in subitem:
            entry['Km'] = subitem[value]
            #print subitem

实际上，由于您正在构建字典的字典，因此不清楚使用 groupby 这样做有什么好处。