python - 使用另一个 cython 模块导入 cython 模块时 undefined symbol

Question

我正在使用 Cython 将一组 C 函数包装到一个模块中。我希望能够将第一个模块导入到后续的基于 Cython 的项目中，但是在 python 脚本中导入派生模块时遇到了“ undefined symbol ”问题。

考虑以下在不同目录中开发的两个模块的最小工作示例:

# exModA wraps the functions provided in exModAFxn.c
exModA/
    __init__.pxd
    __init__.py
    exModAFxn.c
    exModA.pyx
    setup.py
# exModB attempts to use the cdef functions from exModA
exModB/
   __init__.py
   exModB.pyx
   setup.py
# The test script attempts to make use of exModB
test.py

exModA/__init__.pxd:

cdef extern void myCMessage()

exModA/__init__.py:

from exModA import *

exModA/exModAFxn.c:

#include <stdio.h>
void myCMessage() { printf( "This is a test!\n" ); }

exModA/exModA.pyx:

cdef extern from "exModAFxn.c" :
    void myCMessage()
# Use myCMessage in a python function
def foo() :
    myCMessage()

exModA/setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
setup( 
    name = 'exModA',
    ext_modules = cythonize( ['exModA/exModA.pyx'] ),
)

exModB/__init__.py:

from exModB import *

exModB/exModB.pyx:

cimport exModA
# Use a cdef function from exModA in a python function
def bar() :
    exModA.myCMessage()

exModB/setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
setup( 
    name = 'exModB',
    ext_modules = cythonize( ['exModB/exModB.pyx'] ),
)

两个cython模块编译完成后会调用test.py脚本

python extModA/setup.py build_ext --inplace
python extModB/setup.py build_ext --inplace

测试.py:

import exModA
exModA.foo()    # successfully prints message
import exModB   # raises ImportError: undefined symbol: myCMessage
exModB.bar()    # we never get to this line :(

从 exModA.foo 函数成功打印消息向我表明 myCMessage 实际上可用，但在导入 exModB 时找不到。我知道如果我将 exModA 和 exModB 合并到一个项目中，这个问题就会消失，但我想尽可能避免这种方法——我正在尝试为 C 库公开一组通用包装器，以用于多个不同的项目应用程序。

Answer 1

我能够通过执行以下操作来实现它:

首先，在您的exModB/setup.py 文件中指定用于链接的exModA 库，如下所示:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize

ext = Extension('exModB/exModB',
                sources=['exModB/exModB.pyx'],
                libraries=['exModA'],
                library_dirs=['/home/MyFolder/exModA'],
                runtime_library_dirs=['/home/MyFolder/exModA']
                )
setup(name='exModB', ext_modules = cythonize(ext))

(我建议将 exModA.so 移动到库搜索路径上的文件夹，而不是指定运行时库目录。)

我还必须将 exModA.so 重命名为 libexModA.so 以便 gcc 可以找到它。在构建 exModA.so 之后但在构建 exModB.so 之前执行此操作:

python exModA/setup.py build_ext --inplace
cp exModA/exModA.so exModA/libexModA.so
python exModB/setup.py build_ext --inplace

你可能想要调整它，但它应该让你开始。