python - 如何使用 Python basemap 更快地绘制地理定位的 RGB 数据

Question

我在使用带有纬度和经度数据的 Python basemap 模块绘制 RGB 图像时遇到问题。现在，我可以绘制我想要的图，但问题是它有多慢，因为它能够比 RGB 数据更快地绘制单 channel 数据，而且一般来说，自己绘制 RGB 图像也是如此快速地。由于我有纬度/经度数据，这就是事情变得复杂的地方。我已经检查了这个问题的解决方案:

How to plot an irregular spaced RGB image using python and basemap?

这就是我到达现在位置的方式。它本质上归结为以下问题。在 basemap 中使用 pcolormesh 方法时，要绘制 RGB 数据，您必须定义一个 colorTuple 参数，它将逐点映射 RGB 数据。由于数组大小约为 2000x1000，因此这需要一段时间才能完成。下面是我正在谈论的片段(完整的工作代码在下方):

if one_channel:
    m.pcolormesh(lons, lats, img[:,:,0], latlon=True)
else:
    # This is the part that is slow, but I don't know how to
    # accurately plot the data otherwise.

    mesh_rgb = img[:, :-1, :]
    colorTuple = mesh_rgb.reshape((mesh_rgb.shape[0] * mesh_rgb.shape[1]), 3)

    # What you put in for the image doesn't matter because of the color mapping
    m.pcolormesh(lons, lats, img[:,:,0], latlon=True,color=colorTuple)

当只绘制一个 channel 时，它可以在大约 10 秒左右的时间内绘制出 map 。绘制 RGB 数据时，可能需要 3-4 分钟。鉴于只有 3 倍多的数据，我觉得一定有更好的方法，尤其是当您绘制矩形图像时，绘制 RGB 数据的速度与单 channel 数据一样快。

所以，我的问题是:是否有任何方法可以加快此计算速度，可以使用其他绘图模块(例如 Bokeh)或以任何方式更改颜色映射？我尝试使用 imshow 仔细选择 map 边界，但由于它只是将图像拉伸(stretch)到 map 的整个范围，这对于准确绘制数据来说还不够好。

下面是我的代码的一个精简版本，它适用于具有正确模块的示例:

from pyhdf.SD import SD,SDC
import numpy as np
from scipy.interpolate import interp1d
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.basemap import Basemap

def get_hdf_attr(infile,dataset,attr):

    f = SD(infile,SDC.READ)
    data = f.select(dataset)
    index = data.attr(attr).index()
    attr_out = data.attr(index).get()
    f.end()

    return attr_out

def get_hdf_dataset(infile,dataset):

    f = SD(infile,SDC.READ)
    data = f.select(dataset)[:]
    f.end()

    return data

class make_rgb:

    def __init__(self,file_name):

        sds_250 = get_hdf_dataset(file_name, 'EV_250_Aggr1km_RefSB')
        scales_250 = get_hdf_attr(file_name, 'EV_250_Aggr1km_RefSB', 'reflectance_scales')
        offsets_250 = get_hdf_attr(file_name, 'EV_250_Aggr1km_RefSB', 'reflectance_offsets')

        sds_500 = get_hdf_dataset(file_name, 'EV_500_Aggr1km_RefSB')
        scales_500 = get_hdf_attr(file_name, 'EV_500_Aggr1km_RefSB', 'reflectance_scales')
        offsets_500 = get_hdf_attr(file_name, 'EV_500_Aggr1km_RefSB', 'reflectance_offsets')

        data_shape = sds_250.shape

        along_track = data_shape[1]
        cross_track = data_shape[2]

        rgb = np.zeros((along_track, cross_track, 3))

        rgb[:, :, 0] = (sds_250[0, :, :] - offsets_250[0]) * scales_250[0]
        rgb[:, :, 1] = (sds_500[1, :, :] - offsets_500[1]) * scales_500[1]
        rgb[:, :, 2] = (sds_500[0, :, :] - offsets_500[0]) * scales_500[0]

        rgb[rgb > 1] = 1.0
        rgb[rgb < 0] = 0.0

        lin = np.array([0, 30, 60, 120, 190, 255]) / 255.0
        nonlin = np.array([0, 110, 160, 210, 240, 255]) / 255.0

        scale = interp1d(lin, nonlin, kind='quadratic')

        self.img = scale(rgb)

    def plot_image(self):

        fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
        ax = fig.add_subplot(111)

        ax.set_yticks([])
        ax.set_xticks([])
        plt.imshow(self.img, interpolation='nearest')
        plt.show()

    def plot_geo(self,geo_file,one_channel=False):

        fig = plt.figure(figsize=(10, 10))
        ax = fig.add_subplot(111)

        lats = get_hdf_dataset(geo_file, 0)
        lons = get_hdf_dataset(geo_file, 1)

        lat_0 = np.mean(lats)
        lat_range = [np.min(lats), np.max(lats)]

        lon_0 = np.mean(lons)
        lon_range = [np.min(lons), np.max(lons)]

        map_kwargs = dict(projection='cass', resolution='l',
                          llcrnrlat=lat_range[0], urcrnrlat=lat_range[1],
                          llcrnrlon=lon_range[0], urcrnrlon=lon_range[1],
                          lat_0=lat_0, lon_0=lon_0)

        m = Basemap(**map_kwargs)

        if one_channel:
            m.pcolormesh(lons, lats, self.img[:,:,0], latlon=True)
        else:
            # This is the part that is slow, but I don't know how to
            # accurately plot the data otherwise.
            mesh_rgb = self.img[:, :-1, :]
            colorTuple = mesh_rgb.reshape((mesh_rgb.shape[0] * mesh_rgb.shape[1]), 3)
            m.pcolormesh(lons, lats, self.img[:,:,0], latlon=True,color=colorTuple)

        m.drawcoastlines()
        m.drawcountries()

        plt.show()

if __name__ == '__main__':

    # https://ladsweb.nascom.nasa.gov/archive/allData/6/MOD021KM/2015/183/
    data_file = 'MOD021KM.A2015183.1005.006.2015183195350.hdf'

    # https://ladsweb.nascom.nasa.gov/archive/allData/6/MOD03/2015/183/
    geo_file = 'MOD03.A2015183.1005.006.2015183192656.hdf'

    # Very Fast
    make_rgb(data_file).plot_image()

    # Also Fast, takes about 10 seconds
    make_rgb(data_file).plot_geo(geo_file,one_channel=True)

    # Much slower, takes several minutes
    make_rgb(data_file).plot_geo(geo_file)

Answer 1

我通过将 1.0 添加到 colorTuple 的每个部分的值以将其转换为 RGBA 数组来解决这个问题。我检查了 pcolormesh 函数，发现它调用颜色转换器将 RGB 转换为 RGBA 数组 4 次不同的时间，每次大约需要 50 秒。如果你给它一个 RGBA 数组作为开始，它会绕过它并在合理的时间范围内生成绘图。添加的附加代码行如下所示:

if one_channel:
    m.pcolormesh(lons, lats, img[:,:,0], latlon=True)
else:
    mesh_rgb = img[:, :-1, :]
    colorTuple = mesh_rgb.reshape((mesh_rgb.shape[0] * mesh_rgb.shape[1]), 3)

    # ADDED THIS LINE
    colorTuple = np.insert(colorTuple,3,1.0,axis=1)

    # What you put in for the image doesn't matter because of the color mapping
    m.pcolormesh(lons, lats, img[:,:,0], latlon=True,color=colorTuple)