c++ - 使用 HDF5 C++ 编写动态大小的复合类型数据集

Question

我正在尝试将动态分配的结构写入 HDF5 复合数据集，类似于 this example .我已经发布了我的代码中的相关片段，这些代码编译并被其他有效的 H5 代码包围，这些代码可以毫无问题地编写其他数据结构(标量、数组、属性)。另外，我不是 C++ 专家，所以如果有任何不妥之处，请告诉我。

首先，我有一个动态分配的 op 数组，长度为 nop 在运行时确定:

#include "H5Cpp.h"

int main ()
{
    unsigned int nop = 0;
    typedef struct op_t {
        int id;
        double x;
        double y;
        double z;
    } op_t;
    /* there's a for-loop that determines value of nop, e.g. 1 */
    nop = 1;
    op_t *op = new op_t[nop];
    // populate with example data
    for (int n = 0; n < nop; n++)
    {
        op[n].id = n + 1;
        op[n].x = 10.0 * n + 10.0;
        op[n].y = 200.0 * n + 20.0;
        op[n].z = 30.0 * n + 30.0;
    }

我担心的一个问题是 op 不是连续的，但我不确定。现在是 HDF5 部分:

    // Move data to HDF5 composite data structure
    H5::H5File h5file ("myfile.h5", H5F_ACC_TRUNC);
    H5::Group root = h5file.openGroup("/");

    hsize_t op_dim[] = {nop};
    H5::DataSpace op_dataspace(1, op_dim);

    H5::CompType op_type(sizeof(op_t));
    op_type.insertMember("id", HOFFSET(op_t, id), H5::PredType::NATIVE_INT);
    op_type.insertMember("x", HOFFSET(op_t, x), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
    op_type.insertMember("y", HOFFSET(op_t, y), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);
    op_type.insertMember("z", HOFFSET(op_t, z), H5::PredType::NATIVE_DOUBLE);

    H5::DataSet op_ds = root.createDataSet("obs_point", op_type, op_dataspace);
    op_ds.write(op, op_type);
    op_ds.close();
    delete [] op;

    h5file.flush(H5F_SCOPE_GLOBAL);
    h5file.close();
    return 0;
}

我的结果表不是我所期望的，因为 (1):数据值错误，(2) 标题名称不正确。例如，使用 nop == 1，我看到:

È 是如何进入标题名称的？ header 名称似乎每隔一段时间就会更改为其他垃圾字符，并对代码进行微小更改。此外，数据结构未复制或写入 HDF5 数据集。

我正在使用带有预编译 HDF5 1.8.11 共享库的 Microsoft Visual C++ 2010 Express，除了创建/编写 H5::CompType 之外，它在这个项目中的表现非常出色。

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更新 1 这个简短的例子在 Debian 上使用 h5c++ 很烦人，所以它可能与 MS Visual C++ 有关。

UPDATE 2 这个问题只发生在 Debug 构建目标上，而且只发生在 H5::CompType 上。这个问题随着 Release 构建目标而“消失”，我觉得这很奇怪而且很烦人。

Answer 1

我今天一直在努力解决这个确切的问题。查看 CompData.insertMember 的代码没有帮助。它实际上只是 H5Tinsert 的一个薄包装，但是我怀疑关于 H5std_string(它是 std::string 的类型定义)有一些可疑的行为。

以下不起作用，并返回一个错误，指出我的成员名称之一不是唯一的:

typedef struct {
  uint32_t data1;
  uint32_t test;
} simple_s;
CompType mydata(sizeof(simple_s));
mydata.insertMember(name1, HOFFSET(simple_s, data1), PredType::NATIVE_UINT32);
mydata.insertMember(name2, HOFFSET(simple_s, test), PredType::NATIVE_UINT32);

但是，如果我改用

H5Tinsert(mydata.getId(), "data1", HOFFSET(simple_s, data1), H5T_NATIVE_UINT32);
H5Tinsert(mydata.getId(), "test", HOFFSET(simple_s, test), H5T_NATIVE_UINT32);

而不是 insertMember 它按预期工作。或者这也有效，

const H5std_string name1("data1");
const H5std_string name2("test");
mydata.insertMember(name1, HOFFSET(simple_s, data1), PredType::NATIVE_UINT32);
mydata.insertMember(name2, HOFFSET(simple_s, test), PredType::NATIVE_UINT32);

所以它似乎只有在你传递原始 cstrings 时才会被转换。真令人沮丧，即使通过 static_cast("data1") 进行 static_casting 也不起作用。我在 VS2013 32 位上以 Debug模式编译，我自己使用相同的编译器编译 HDF5。对于 std::string 设置了调试标志，这是我唯一的解释，但我不明白它是如何干扰的。