algorithm - 用图表示的 Leveling Gene Ontology

Question

我从这个链接 http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml 上传了一个完整的基因本体术语文件

我用图表表示数据，其中 GO Terms 是节点，isA 和 PartOf 关系是边。根据我的研究，这张图中应该只有一个根，就是登录号为“GO:0008150”的GO Term。

现在，我想为每个 GO Term 分配一个级别，以便进行一些算法。我假设节点的级别是从根开始到要分配级别的节点结束的最长路径上的节点数。

问题是，在大约 60,000 个术语中，我发现只有大约 30,000 个节点可以从根访问。所以，剩下的三万条款，不可能有一个层次。这会阻止我执行我的算法。

这个问题的解决方案是什么？

这是我想到的一个解决方案，你认为这是个好主意吗？

无法平分的 GO 项没有父项。然而，几乎所有的，(叶子除外)都有儿子，因此，我的想法是为这些节点中的每一个节点检查最深层次的儿子，然后为该节点分配其最深层次的儿子层次-1。例如，如果我们有 3 个儿子，级别为 1 - 3 - 5，我们将父亲分配为级别 4，因为它是最深儿子的级别减去 1 级别。`

Answer 1

更直接地说，我会联系 GO Helpdesk 提出问题——他们的 react 非常迅速:

前往 ebi.ac.uk 的帮助台

您下载的文件中包含三个本体，其中GO:0008150只是一个根。此外，即使您确实使用了所有三个本体，is_a 和 part_of 也不足以完全连接图——涉及很多其他关系，传递性可能很复杂，尤其是在考虑多条路径时:

http://www.geneontology.org/GO.ontology.relations.shtml

最后，您可能需要考虑您实际尝试从图表中提取哪些信息，因为 GO 中的“级别”(一个令人担忧的概念)实际上并没有携带太多信息(如果有的话)。