r - 使用 nVennR 生成维恩图时出错

Question

我希望使用 nVennR package 在 R 中用我自己的数据创建一个复杂的维恩图由 Pérez-Silva et al. 2018 创建.我正在运行 this vignette 中的示例代码.

当我运行示例代码时，R 显示一条警告消息:

The figure cannot be rendered in the plot window. Please, use the arguments outFile and/or systemShow.

将 systemShow 参数设置为 TRUE 后，Chrome 会尝试打开 SVG 文件并显示以下错误:

error on line 74 at column 45: Namespace prefix xlink for href on use is not defined. 

不确定为什么我无法使用提供的代码生成图像!

Answer 1

安装rsvg 和grImport2 包后，绘图应如小插图所示:

plotVenn(list(SAS=sas, PYTHON=python, R=rr), nCycles = 2000)

如果要在网络浏览器中查看绘图，请将其保存到文件中

plotVenn(list(SAS=sas, PYTHON=python, R=rr), nCycles = 2000, outFile="a.svg")

并改变第一行

<svg width="700" height="500">

到

<svg width="700" height="500" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">

该文件无需修改即可在 SVG 编辑器(如 Inkscape)中查看。