java - Java中的邻居加入算法

Question

我正在尝试实现邻居加入算法来创建系统发育树。该算法在这里描述，我一直将其用作引用:

http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining

我已经到了需要开始合并节点的地步，在示例中它们将 a 和 b 合并到 u 中。我在如何在 java 中实现它时遇到了问题。我有一个这样的距离矩阵:

double[][] distanceMatrix = new double[][]{
    {0, 7,11,14},
    {7, 0,6,9},
    {11,6,0,7},
    {14,9,7,0}
};

我创建一个 Q 矩阵没有问题，并确定最小值，因此需要合并哪些节点。但是当涉及到实际编码时，我被难住了。我需要创建一个新的相似矩阵，用 U 替换 A 和 B，所以我假设我需要创建一个比我开始使用的矩阵小的新矩阵，所以我需要创建一个大小为 -1 的全新矩阵？我还需要跟踪索引，因为它们对应于特定的序列。每次我合并时，它们都需要向下移动，所以我想我需要某种列表来跟踪序列的去向？

有人可以告诉我如何开始吗？

Answer 1

如果您不想重建矩阵，可以将列标记为“已死”。

为每一列保留一个列表，其中包含聚合(合并)的内容。

对我来说，这听起来很像经典的层次凝聚聚类 (HAC)；应该有很多关于如何在矩阵上实现它的示例。