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algorithm - 如何将 1200 万交互网络分解为子网络

转载 作者:塔克拉玛干 更新时间:2023-11-03 05:22:05 24 4
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我有一个 3 列列表,代表具有以下结构的网络:

geneA geneB Spearman_Value

此列表包含 1200 万次交互。我想找到存在于 Spearman 值相似的较大网络中的子网络。我一直想做的是将列表分成许多不同的部分,并使用来 self 们计算集群的不同节点处理每个部分。一个问题是节点需要能够看到列表的其他部分,以确定它们正在查看的交互是否是某个其他子网络的一部分。起初我认为我应该使用散列,因为它允许在 O(1) 时间内进行搜索,但这会导致键和/或值的重写。我一直在考虑创建一个数据结构,其中每个子网络都是一个链表,并且它们都以某种更大的结构(如散列)捆绑在一起。我不确定这是否有意义,因为我不知道如何以某种方式使每个 key 以任何有意义的方式识别不同的子网络。

最佳答案

最后我们使用 wcgna 解决了这个问题,并在我们的集群上执行了工作: WCGNA

关于algorithm - 如何将 1200 万交互网络分解为子网络,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/29018617/

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