algorithm - 邻居加入算法输出

Question

我正在尝试实现一个 Neighbor Joining 算法，目前我已经让它正常工作，在每一步计算正确的长度并输出正确的值。

但是，我正在努力获取算法的最终输出，我需要它来输出整体计算的矩阵表示，因为我想将其直观地表示为图形。通过算法主循环的每次迭代，我得到一个节点子组，这些节点可以回到算法的开始，但我不相信可以使用这个子组，因为它包含我不能真正使用的冗余信息指定在最终表示中是否需要。

我在这里使用这个算法:http://en.wikipedia.org/wiki/Neighbor_joining#The_algorithm任何帮助都会很棒，如果需要我可以提供更多信息，谢谢。

Answer 1

我已经阅读了您提供的链接，在我看来您确实需要这些信息。

算法的每一步都会将 2 个节点合并为 1 个节点，从而使您的距离矩阵变小，直到所有内容都合并为止。您需要记住合并的节点与其结果节点的距离。如果合并 A 和 B，则距离矩阵的列/行将替换为属于新节点 u 的列/行。你需要记住 A 和 B 到你的距离。

一切合并后，您应该拥有所有必须连接的节点的所有距离，您可以开始可视化。