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algorithm - 跨多个序列的最长公共(public)子串

转载 作者:塔克拉玛干 更新时间:2023-11-03 05:07:32 26 4
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我正在尝试跨多个序列查找最长公共(public)子串 (LCS)。

CPAN上有很多模块实现了2个序列的LCS算法,比如 Algorithm::Diff String::LCSS_XS ,但我很难将它们扩展到使用 2 个以上的序列,因为跨多个序列的 LCS 不一定是其中任何两个序列之间的 LCS。

值得注意的是,尽管它的名字是 Algorith::MLCS实际上并不返回 LCS,而是返回多个数组的所有公共(public)元素(也是非连续的)。我的印象是它被设计破坏了,但我可能错了。

Algorithm::DiffAlgorith::MLCS解决最长公共(public)子序列问题,而不是最长公共(public)子串问题。

是否有明显的方法来扩展 n=2 算法,或者我是否必须实现我的版本?如果是,如何?

谢谢。

最佳答案

使用 Tree::Suffix 可以很容易地解决这个问题模块。

例子:

#!/usr/bin/env perl
use Modern::Perl;
use Bio::SeqIO;
use Tree::Suffix;

my $seqio = Bio::SeqIO->new(
-file => "fasta_sequences.txt",
-format => "Fasta");

my @seqs;

while (my $seqobj = $seqio->next_seq) {
push @seqs, $seqobj->seq;
}

my $tree = Tree::Suffix->new(@seqs);
my @lcss = $tree->lcs;

say $_ for @lcss;

关于algorithm - 跨多个序列的最长公共(public)子串,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/20584536/

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