java - 在 Mac 上安装 rJava 时遇到问题； JNI 数据类型的问题

Question

已解决!!

请参阅下面我的解决方案，以防这个问题在未来对其他人有所帮助。

错误

如标题所述，它对我来说失败了。当我尝试从 R 内部安装 install.packages('rJava') 时，我收到的错误是(之前进行了一些良好的检查):

checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’

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修复尝试

我已经检查并尝试了以下解决方案，但没有一个对我有用:

• sudo R CMD javareconf

• more detailed sudo R CMD javareconf

• export JAVA_HOME ，但是在这种情况下，我没有执行 LD_LIBRARY_PATH，因为它似乎与 Mac 无关。

任何这些尝试都没有这样的运气。

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我之前正确安装了rJava(和RJDBC)。

[编辑:我后来发现，实际问题是升级到 OS X 10.11，El Capitan。]

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配置

$ java -version
java version "1.8.0_45"

> R.Version()
$platform
[1] "x86_64-apple-darwin15.0.0"
$version.string
[1] "R version 3.2.2 (2015-08-14)"

Mac 操作系统本身:

System Version: OS X 10.11.1 (15B42)

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Answer 1

I did not do the LD_LIBRARY_PATH, as it did not seem relevant to a Mac

是的，但 Mac 有 DYLD_LIBRARY_PATH。如果您使用 -ljvm 链接，您必须在 DYLD_LIBRARY_PATH 中包含包含 libjvm.dylib 的目录。

也就是说，我发现用 -ljli 链接 JNI 程序更方便(在 lib/jli 中)，因为用 -ljvm< 链接的程序 将在系统没有安装 Apple 自己的 Java 运行时时打开一个提示(至少他们之前在我和我们客户的系统上安装过)。

编辑:这里是 dyld documentation 的链接