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java - 并行序列比对算法

转载 作者:塔克拉玛干 更新时间:2023-11-03 04:08:01 25 4
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我正致力于在 Java 中使用并行机制实现高效的序列对齐算法。我想返回序列的所有可能位置。

你们能推荐一个可行的算法吗?我已经研究过 Needem-Wunsch 和 Smith-Waterman,但我正在寻找一些不那么复杂但仍然有效的东西。我刚刚开始使用并行性,所以它不会太复杂。

谢谢。

最佳答案

您可以使用 BLAST 作为基本局部比对搜索工具

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关于java - 并行序列比对算法,我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题: https://stackoverflow.com/questions/23418133/

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