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我需要一种方法来检查其相似性度量的准确性，以确保我的算法比以前的算法更好!!! (在大多数情况下，人眼并不难，但我不知道如何将其扩展到我的应用程序)
您的有效性度量应该独立于算法。
最佳答案
看看“Graph similarity scoring and matching”和“A Method for Comparing Two Hierarchical Clusterings”。也许它们(或链接的引用资料)会有所帮助。
关于algorithm - 系统发育树比较，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/8970737/
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