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最佳答案
显然，要从整体上解决这个问题可能需要撰写一篇像样的研究论文。这是我的建议。
在生物信息学中，我们一直面临这个问题。最常用的算法是 BLAST ( http://en.wikipedia.org/wiki/BLAST )。请通过算法，您可能会了解所涉及的内容。
关于algorithm - 在次二次时间删除 "almost duplicate"字符串，我们在Stack Overflow上找到一个类似的问题： https://stackoverflow.com/questions/21047858/
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