c++ - 使用 C++(和 GSL)扩展和嵌入 Python(和 NumPy): pass gsl_matrix to python and back

Question

我的问题“应该”很简单，但我仍然无法解决。

我目前从事的项目需要一些繁重的计算(用 C++ 完成)和一些模拟后数据分析(用 Python 完成)。

但是，现在我正在更改主要算法，我将需要在 C++ 和 Python 之间来回“循环”一些计算。也就是说，我需要在 C++ 和 Python 之间来回移动一个 double 矩阵。

在 C++ 中，数据矩阵是一个“gsl_matrix”对象，而在 Python 中，相同的矩阵被实现为“numpy 数组”。

此刻，我正在运行我的 C++ 代码，将矩阵保存到文件，从 Python 中读取它，将它写回文件，然后在 C++ 中再次打开它以进行进一步计算。

因为这是非常低效的，我想问问是否有人可以给我一个例子，说明如何以“干净”的方式做到这一点。

我一直在阅读(并尝试了 10 天)SWIG、Cython、Boost.Python 和 Boost.Numpy，但我仍然无法破解它。

有没有人可以分享一个有效的例子？

谢谢!

雷内

Answer 1

我认为你不需要自己实现包装器，因为你可以使用 pygsl .如果你真的想实现你自己的版本，这里是 pygsl 的例程，可能对你有值(value)

%{
#include <gsl/gsl_matrix_double.h>
#include <gsl/gsl_matrix_complex_double.h>
%}

%include typemaps.i

// gsl_matrix typemaps
%typemap(in) gsl_matrix* %{
  PyArrayObject *_PyMatrix$argnum;
  gsl_matrix_view matrix$argnum;
  {
    _PyMatrix$argnum = (PyArrayObject*)
      PyArray_ContiguousFromObject($input, PyArray_DOUBLE, 2, 2);
    if (_PyMatrix$argnum == NULL)
      return NULL;
    matrix$argnum
      = gsl_matrix_view_array((double*)_PyMatrix$argnum->data,
                  _PyMatrix$argnum->dimensions[0],
                  _PyMatrix$argnum->dimensions[1]);    
    $1 = &matrix$argnum.matrix;
  }
%}