linux - bash - 如何匹配要在循环中使用的文件名

Question

我想对每对文件运行一个循环命令

a_xxx.wig
b_xxx.wig
c_xxx.wig

a_xxx.bed
b_xxx.bed
c_xxx.bed 

我想根据样本名称(a、b 或 c)匹配文件，并让循环通过每一对运行一个命令，而不必一次执行一个命令

for file in * do
bedtools intersect -a $sample.wig -b $sample > $sample.bed
done

任何想法或指示将不胜感激

Answer 1

wig 文件是输入，因此只需迭代这些文件即可。您可以提取文件名的一部分以用作其他名称的“基础”。

for file in *.wig; do
    sample=${file%.wig}
    bedtools intersect -a "$sample.wig" -b "$sample" > "$sample.bed"
done