linux - 如何在 Perl 中解析成对数据时转义额外的空行

Question

我有一个看起来像这样的输入文件:

>Seq_1;1
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>Seq_2;1
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

还有很多这样的成对线。我想要做的就是像这样简单地打印出来:

>Seq_1;1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>Seq_2;1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

但是为什么这段代码会失败:

#!/usr/bin/perl -w

   while ( <> ) {
        chomp;
        my $line = $_;
        my $rdn = "";
        my $sq  = "";

        if ( $line =~ /^>/ ) {
            $rdn = $line;
        }
        elsif ($line =~ /^[ATCG]/) {
            $sq = $line;
        }

         print "$rdn $sq\n";

    }

它改为打印:

>Seq_1;1
 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>Seq_2;1
 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC

Answer 1

既然你的数据是“成对的”，除非你想明确检查每一行你所描述的模式，为什么不一次只读两行呢？然后做你的处理:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;


while (my $line1 = <>) {
    my $line2 = <>;

    chomp $line1;
    chomp $line2;

#   ...do_something...

    print "$line1 $line2\n";
}

结果:

>Seq_1;1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
>Seq_2;1 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC