linux - 是否可以部分解压缩 .vcf 文件？

Question

我有一个约 300 GB 的压缩 vcf 文件 (.vcf.gz)，其中包含大约 700 只狗的基因组。我只对这些狗中的几只感兴趣，目前我没有足够的空间来解压整个文件，尽管我正在让一台电脑来做这件事。是否可以仅解压缩文件的一部分以开始测试我的脚本？

我正在尝试在样本子集的某个位置上使用特定的 SNP。我已尝试使用 bcftools 无济于事:(如果有人能确定哪里出了问题，我也会非常感激。我为输出创建了一个空文件 (722g.990.SNP.INDEL. chrAll.vcf.bgz) 但它返回以下错误)

bcftools view -f PASS --threads 8 -r chr9:55252802-55252810 -o 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.gz -O z 722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.bgz

The output type "722g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.bgz" not recognised

我正计划尝试 awk，但需要先解压缩文件。是否可以部分解压缩它以便我可以试试这个？

Answer 1

仔细检查命令行中的 bcftools view .

1. 当您为 -O(上层-case O) 像这样的命令行选项 -O something。根据您收到的错误消息，您可能已将文件名放在那里。

2. 检查您的命令中的输入和输出文件名是否有误。注意-o(小写o)命令行选项指定了输出文件名，命令行末尾的文件名为输入文件名。

此外，您写道您为输出创建了一个空文件。您不需要这样做，bcftools 将创建输出文件。