linux - 在遍历文件夹时更改工作目录

Question

目前我正在尝试在 Linux 命令行上对成像文件 (scan.nii.gz) 运行 MRI 软件 (TBSS)。

对于不同的参与者，扫描件都存储在单独的文件夹中，并且文件名相同，因此:

/home/scans/participant1/scan.nii.gz

/home/scans/participant2/scan.nii.gz

/home/scans/participant3/scan.nii.gz

此软件的作用是在当前工作目录中创建分析结果。由于扫描具有相同的图像名称，因此它们始终会被覆盖。

我想遍历所有参与者文件夹，将其作为我的工作目录，然后执行 tbss 命令，它就是 tbss_1_preproc scan.nii.gz。这样，文件就会存放在当前工作目录下，即参与者目录下。

在 Linux 中有什么明智的方法可以做到这一点吗？

非常感谢!

Answer 1

在 BASH 中尝试。下面的代码未经测试，但它应该给你一个线索

#! /bin/bash

find . -name scan.nii.gz | while read line
do
   cd $(dirname "${line}")
   tbss_1_preproc $(basename "${line}")
done

将其放入文件中并使其可执行。将其复制到您的扫描文件夹并执行。