r - 如何在大学高性能计算系统上的 R 中安装 rgdal 和 rgeos 包？

Question

我一直在爱丁堡大学的计算和数据设施上安装来自 tar.gz 类型文件的 R 包，这是一个通过 SSH 访问的高性能计算集群。登录后，我可以安装文件，如下例所示:

install.packages("/exports/work/eng_AntonyHydroData/Pkges/DEoptim_2.2-3.tar.gz",rpeo=NULL,target="source")

大约有 40 个软件包，其中 38 个安装没问题，但有两个失败:RGEOS (rgeos_0.3-14.tar.gz) 和 RGDAL (rgdal_1.0-7.tar.gz)。

失败原因如下:

Installing package into '/exports/work/eng_AntonyHydroData/library'
(as 'lib' is unspecified)
inferring 'repos = NULL' from 'pkgs'
* installing *source* package 'rgdal' ...
** package 'rgdal' successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: CC: gcc -std=gnu99
configure: CXX: g++
configure: rgdal: 1.0-5
checking for /usr/bin/svnversion... yes
configure: svn revision: 559
checking for gdal-config... no
no
configure: error: gdal-config not found or not executable.
ERROR: configuration failed for package 'rgdal'

请注意，RGEOS 给出了相同的原因，即缺少 gdal-config。

我环顾了网络，找到了这个问题的各种答案，主要建议使用命令“sudo”或“apt-get”安装 libgeos-dev 或类似的东西，但计算器无法识别这些命令集群系统。

如果您能帮助 RGEOS 和 RGDAL 正常工作，我们将不胜感激。

安东尼

Answer 1

我设法通过首先安装 geos-3.5.0.tar.bz2 包并发出以下 linux 命令来解决这个问题:

tar xjvf geos-3.5.0.tar.bz2
cd geos-3.5.0
./configure --help
mkdir /exports/work/....
./configure --help,
./configure --prefix=eng_A... --enable-python
make
make check
make install

和 rgdal 类似