r - 如何使用 Rscript 将控制台输出写入文本文件，就像使用 R CMD BATCH 一样

Question

过去，我曾使用 R CMD BATCH 在 Linux 服务器上从命令行执行 R 代码。我使用的语法是

R CMD BATCH --no-save --no-restore rcode.r output.txt

以上代码将控制台输出写入output.txt，可以在脚本运行时对其进行监控。这也可以用 Rscript 实现吗？我更愿意使用 Rscript，因为我听说 R CMD BATCH 已被弃用。

为了澄清我最初的问题，R CMD BATCH 将所有控制台输出(包括消息、警告和 print() 语句)写入 output.txt。相反，Rscript rcode.r > output.txt 仅将 print() 输出写入文本文件，而将其他所有内容写入终端。如何使用 Rscript 复制 R CMD BATCH 的行为？

Answer 1

经过一番挖掘，我发现，至少在我使用的 Linux 系统上，Rscript 只是一个方便的功能。如果你打电话

Rscript --verbose foobar.r

你会看到底层调用是:

running
  '/usr/lib/R/bin/R --no-echo --no-restore --file=foobar.r'

这意味着 --no-echo 被烘焙到 Rscript 中。

因此解决方案是运行

/usr/lib/R/bin/R --no-restore --file=foobar.r > output.txt

--no-echo 被删除，输出被重定向到一个文本文件，正如@MrFlick 所建议的。除了输出之外，还将回显命令。

如果您希望默认删除 --no-echo，您可以为 Rscript 创建一个新别名。例如，在我的 .bashrc 文件中，我有以下内容:

function Rscript2() { R --no-restore --file="$1"; }
export -f Rscript2

现在，在我的 Slurm 批处理作业脚本中，我可以运行 Rscript2 file.R 以获得所需的行为:所有 R 控制台输出都包含在 slurm-*.out 文件。