r - Pmetrics : declare default fortran compiler before calling PMBuild()

Question

我们正在尝试使用名为 Pmetrics 的 R 包

这通常不支持 Linux 环境，但我们想在并行设置中执行一些测试。例如。分布在 20 个容器中的 1000 次分布式测试。

使用此 Dockerfile，您可以重现错误。

FROM centos:centos7.5.1804
RUN yum -y install gcc-gfortran epel-release
RUN mkdir /root/pksim
RUN mkdir /root/pksim/Rlibraries
WORKDIR /root/pksim
RUN yum -y install R
COPY test.r test.r
COPY install.r install.r

install.r 脚本包含这些行

.libPaths("/root/pksim/Rlibraries")
install.packages("http://www.lapk.org/software/Pmetrics/Repos/src/contrib/Pmetrics_1.5.2.tar.gz", repos=NULL)

test.r 脚本包含这些行

r = getOption("repos")
r["CRAN"] = "http://lib.ugent.be/CRAN/"
options(repos = r)
rm(r)
.libPaths("/root/pksim/Rlibraries")
library(Pmetrics)
PMbuild()

您可以使用这些命令使其工作:

• 构建镜像:docker build -t pksim .
• 运行图像:docker run -ti pksim/bin//bash。应该会出现一个控制台。
• 运行 R install.r 脚本(在控制台上):Rscript install.r
• 运行 R test.r 脚本(在控制台上):Rscript test.r 它在调用 PMBuild() 时卡住

当执行 test.r 时，进程陷入无限循环，请求用户输入。

Pmetrics needs to know which Fortran compiler you are using.
You only have to specify this once.
However, you can reconfigure if your compiler changes
by using the command PMFortranConfig(reconfig=T).

In each of the following <exec> is a place holder for the executable file name
and <files> is a placeholder for the files to be compiled.  Both are required.
When applicable serial and parallel compile statements in Pmetrics are listed in that order.

1. gfortran -m64 -w -O3 -o <exec> <files>
    gfortran -O3 -w -fopenmp -fmax-stack-var-size=32768 -o <exec> <files>
2. g95: g95 -o -fstatic <exec> <files>
3. Intel Visual: ifort -o <exec> <files>
4. Lahey: lf90  <files> -fix -out <exec>
5. Other (define custom command)
6. Help, I don't have a Fortran compiler!

Enter the number of your compiler:

Enter the number of your compiler:

Enter the number of your compiler:

Enter the number of your compiler:

Enter the number of your compiler:

Enter the number of your compiler:

有没有办法通过在运行 PMBuild() 之前在某处设置一些选项来配置默认编译器？

我们创建了一个 GitHub包含此问题来源的 repo。

谁能想到解决方法？

Answer 1

可以创建文件 ~/.config/Pmetrics/FortConfig.txt，内容如下:

gfortran -m64 -w -O3 -o <exec> <files>
gfortran -O3 -w -fopenmp -fmax-stack-var-size=32768 -o <exec> <files>

如果您想使用 1 个建议的编译器。