linux - 如何从终端窗口启动 IGV

Question

我已经使用终端成功安装了 IGV 程序，但是一段时间以来无论我尝试什么都无法启动它。实现这一目标的必要命令是什么？sudo apt install IGV 有效，命令输出运行顺利。

到目前为止，我已经安装了多次，试图找出问题所在，但我还没有得到任何结果。

谁能帮帮我？

Answer 1

Note: I recommend that you remove the previously installed IGV package before performing the following steps to avoid conflicts. Simply execute:

$ sudo apt remove --purge igv

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首先你至少需要Java 11安装(因为与以前的版本不兼容)。

安装默认的 JRE/JDK

安装 Java 最简单的选择是使用与 Ubuntu 一起打包的版本。默认情况下，Ubuntu 18.04 包含 Open JDK，它是 JRE 和 JDK 的开源变体。

要安装这个版本，首先更新包索引并升级你的系统:

$ sudo apt update && apt upgrade

接下来，检查是否已经安装了 Java:

$ java -version

如果 Java 当前未安装，您将看到类似如下的输出:

bash: java: Command not found.

执行以下命令安装OpenJDK:

$ sudo apt install default-jre

此命令将安装 Java 运行时环境 (JRE)。然后，您将能够运行几乎所有 Java 软件。

现在验证安装:

$ java -version

您将看到以下输出(版本可能不同):

openjdk version "11.0.3" 2019-04-16
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.3+1-Ubuntu-3ubuntu1, mixed mode)

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下一步是download IGV并将文件解压缩到您选择的位置(例如 /opt)。

然后在终端中打开该目录(通过“在终端中打开”)或启动终端并通过cd 命令切换到目录(目录名称可能不同):

$ cd /opt/IGV_Linux_2.5.0

要启动 IGV(从命令行)，请执行以下命令:

$ java --module-path=lib -Xmx4g @igv.args --module=org.igv/org.broad.igv.ui.Main

或者，您可以使用 IGV_Linux_2.5.0 目录中的脚本 igv.sh 启动 IGV。您可能必须首先通过键入以下命令使脚本可执行:

$ sudo chmod a+x igv.sh

注意:与以前的版本相比，Java 11 的命令行变得更加复杂。