java - rJava 无法在服务器上安装

Question

我正在尝试安装 rJava 以在运行 Linux 的 super 计算机的服务器上执行 MaxEnt(Dismo 程序包)。所有其他包都已成功，但 rJava 继续出错。

我遵循了这个 thread 的答案包括将 jre 添加到我的文件路径，使用 R CMD javareconf，安装新的 JDK 并将其指定为 $JAVA_HOME。不幸的是，由于我在服务器上的角色，我无法使用 apt-get 功能，尽管我相信这将是最好的解决方案，因为它会更正我必要的文件路径。但是，也许我遗漏了导致错误的其他原因。

这是我使用的 Java 版本:- openjdk 版本“1.8.0_181”- OpenJDK 运行时环境(build 1.8.0_181-b13)- OpenJDK 64 位服务器 VM(构建 25.181-b13，混合模式)

这是产生的错误信息

checking whether ~/Core/java/1.8.0_121/bin/javah actually works... no
checking whether javah was replaced by javac -h... no
configure: error: one or more Java tools are missing.

*** JDK is incomplete! Please make sure you have a complete JDK. JRE is *not* sufficient.
configure: error: ./configure failed for jri
ERROR: configuration failed for package 'rJava'
* removing '/home/afila/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/rJava'

The downloaded source packages are in
        '/tmp/RtmpvYtNJY/downloaded_packages'

Answer 1

我遇到的问题确实是权限问题。有人通过使用 proot 模拟根系统帮助我解决了这个问题。之后是重新配置目录和 R 对它的访问的问题。

在 Unix 中

mkdir ~/etc
cp -a $EBROOTR/lib64/R/etc/* ~/etc
根-b
R CMD javareconf -e

在 R 中

install.packages("rJava")
库(rJava)