regex - 使用 grep 测试文件是否有效 FASTA(即匹配单个正则表达式的完整文件)

Question

测试给定文件是否有效 FASTA 的简单方法是什么:

valid_example.fasta

>genename1 atgcgtcactgNNNNNactgat
>genename 2 ACACTTACAGGGCTAC

>genename3 ATCCaACTACGGCTGGACTTGCGGCAT

我尝试了以下方法，但如果至少有 1 个有效基因而不是所有有效基因，它就会匹配

grep -Pli "(>.+\n[atgcn]\n+)*" valid_example.fasta

Answer 1

使用 -v 标志来反转匹配。然后检查是否有任何行匹配。

你可能想这样做

grep -qv [other options] [pattern] $file || echo $file matches