c - 为什么不同的节点运行我的可执行文件的不同编译？ (初级产业部)

Question

在我重新编译我的 (C) 程序后，一些节点正在运行旧的编译(调试信息仍在其中)，而一些节点正在运行新的副本。服务器运行 Gentoo Linux，所有节点都从同一存储中获取文件。我被告知文件系统是 NFS。我使用的 MPI 是 MPICH 版本 1.2.7。 为什么有些节点没有使用新编译的副本？

更多详细信息(如果您有 sleep 问题):

我正在尝试创建我的第一个 MPI 程序(我也是 C 和 Linux 的新手)。我的代码中有以下内容:

#if DEBUG
  {
    int i=9;
    pid_t PID;
    char hostname[256];
    gethostname(hostname, sizeof(hostname));
    printf("PID %d on %s ready for attach.\n", PID=getpid(), hostname);
    fflush(stdout);
    while (i>0) {
      printf("PID %d on %s will wait  for `gdb` to attach for %d more iterations.\n", PID, hostname, i);
      fflush(stdout);
      sleep(5);
      i--;
    }
  }
#endif

然后我重新编译(没有 -DDEBUG=1 选项，所以排除了上面的代码)

$ mpicc -Wall -I<directories...> -c myprogram.c
$ mpicc -o myprogram myprogram.o -Wall <some other options...> 

程序编译没有问题。然后我这样执行:

$ mpirun -np 3 myprogram

有时(而且越来越频繁)，可执行文件的不同副本在集群的不同节点上运行？在某些节点上，调试代码会执行(并打印)，而在某些节点上则不会。

请注意，集群当前正在经历一些“时钟偏差”(或类似情况)，这可能是原因。是这个问题吗？

另请注意，我实际上只是通过在 Makefile 中注释/取消注释行来更改编译选项，因为我没有时间实现 these suggestions还没有。

编辑:出现问题时，md5sum myprogram 在出现问题的节点上返回不同的值。

Answer 1

您的不同节点保留了一个文件的副本，并在您运行二进制文件时使用该副本而不是最新的。这与 Gentoo 几乎没有关系，因为它是 Linux(内核)缓存和/或 NFS 实现的产物。

换句话说，你的二进制文件被缓存了。阅读这个答案:

NFS cache-cleaning command?

Tweaking some settings也可能有所帮助。

---

我这里碰巧有一个同步和刷新的命令:

$ cat /home/jaroslav/bin/flush_cache 
sudo sync
sudo sh -c 'echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches'