linux - 与 Linux 中的 Foreach 和 doMC 包并行 - mclapply 出错

Question

我想在 Linux 中运行并行计算。在我设法在 Windows 中这样做之后，我需要在 Linux 中运行下面的函数。我将包 doSnow 更改为应该在 Linux 中工作的 doMC，但我收到与 mclapply 相关的错误。

代码:

foreachFunc = function(Data) {

  RowFunction<-function(d)
  {
    (chisq.test(d)$p.value)}

  P<-as.matrix(apply(Data,1,RowFunction))

  return(P)}

library(doMC)
library(foreach)

number_of_cpus=4
cl<-makeCluster(number_of_cpus) 
registerDoMC(cl)


Chunks<-c(1:NROW(Data_new))%%4

P<-foreach(i=0:3, .combine=rbind, mc.cores=4) %dopar%  {
  foreachFunc(Data_new[Chunks==i, ])}
stopCluster(cl)

错误:

Error in mclapply(argsList, FUN, mc.preschedule = preschedule, mc.set.seed = set.seed,  : 
  (list) object cannot be coerced to type 'integer'

Answer 1

阅读 vignette("gettingstartedMC")。我可以像这样重现你的错误:

number_of_cpus=4
cl<-makeCluster(number_of_cpus) 
registerDoMC(cl)
P<-foreach(i=0:3) %dopar%  i
#Error in mclapply(argsList, FUN, mc.preschedule = preschedule, mc.set.seed = set.seed,  : 
#  (list) object cannot be coerced to type 'integer'
stopCluster(cl)

这按预期工作:

registerDoMC(cores=4)
P<-foreach(i=0:3) %dopar%  i

说明:registerDoMC 的第一个参数需要一个整数值。你给了它一个列表，即 makeCluster 的返回对象。