python - Linux 将长格式转换为宽格式

Question

我希望使用 awk 语句或 Python 从长格式转置文件。

我的输入文件看起来像这样；

ID Chr_Position Geno
111 1_1234 0
111 1_12345 1
111 1_2345 0
111 2_23245 2

我需要的输出是(不一定需要标题)

ID 1_1234 1_12345 2_2345
111 0 1 0 2
112 1 1 1 1
113 1 1 0 2

它们是大文件，超过 100,000 个 ID，每个 ID 超过 10,000 行，但如果需要可以拆分成更小的文件。我有以前的代码可以转置行和列，但不确定如何从长格式中获取它。

Answer 1

我知道如何根据您发布的输入文件生成您发布的输出，但也许这会帮助您走上正轨:

$ cat tst.awk
NR==1 { next }
$1 != prev { if (line!="") print prev line; line=""; prev=$1 }
{ line = line OFS $NF }
END { if (line!="") print prev line }

$ awk -f tst.awk file
111 0 1 0 2