linux - 1 个进程中的 Nextflow 错误停止所有其他进程

Question

当我使用 nextflow 提交作业时，其中一个进程失败，文件已损坏。显然我可以从工作列表中删除该文件，但我不希望将来在我扩大它时发生这种情况。默认情况下，这会停止所有其他进程 (9) 的运行，并且 nextflow 作业完成。

如何阻止这一项失败的工作影响其他工作？

Answer 1

在此处 ( https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#errorstrategy ) 的文档中进行更多挖掘后，我找到了答案。我需要将 errorStrategy 'finish' 添加到我的流程中

process ignoreAnyError {
    errorStrategy 'finish'
    script:
    <your command string here>
}