linux - awk NR==FNR 进行文件匹配，哪里出了问题？

Question

我有两个文件，我想在第 1、4、5、6 列中找到匹配的行，有时可以切换 5、6 列，这应该是允许的。

这是两个文件的格式:文件1

1   1:10177 0   10177   AC  A
1   1:10352 0   10352   TA  T
1   1:14930 0   14930   G   A
1   1:15211 0   15211   T   G
1   1:15274 0   15274   G   A

文件2

1   1:10177:A:AC    0   10177   AC  A
1   1:10235:T:TA    0   10235   TA  T
1   1:10352:T:TA    0   10352   TA  T
1   1:10616:CCGCCGTTGCAAAGGCGCGCCG:C    0   10616   C   CCGCCGTTGCAAAGGCGCGCCG
1   1:10642:G:A 0   10642   A   G

如您所见，第 1、4、5 和 6 列匹配了行。

我的 awk 行如下:

awk 'NR==FNR {chr[$2]=$1; pos[$2]=$4; a1[$2]=$5; a2[$2]=$6} NR>FNR && ($2 in chr) && chr[$2]==$1 && pos[$2]==$4 && (a1[$2]==$5 && a2[$2]==$6 || a1[$2]==$6 && a2[$2]==$5) {print $2}' file1 file2 > extract_results.txt

任何人都可以帮助我了解哪里出了问题吗？非常感谢!!

Answer 1

由于您没有显示预期的输出，所以根据您的查询我编写了这段代码。

awk 'FNR==NR{a[$1,$4,$5,$6];b[$1,$4,$6,$5];next} (($1,$4,$5,$6) in a) || (($1,$4,$6,$5) in b) ' Input_file1  Input_file2

编辑:根据 OP 的要求，我们需要将第二个字段作为输出，因此也按如下方式放置此代码。

awk 'FNR==NR{a[$1,$4,$5,$6];b[$1,$4,$6,$5];next} (($1,$4,$5,$6) in a) || (($1,$4,$6,$5) in b){print $2}'   Input_file1   Input_file2

如果你想将输出输出到输出文件中，那么在上面的代码中也将 print $2 更改为 print $2 > "output_file"。

EDIT2:虽然它不是高效的代码，但由于 OP 正在学习并要求修复 OP 的代码，因此将其放在这里。

awk 'NR==FNR {chr[$1]; pos[$4]; a1[$5]; a2[$6];next} ($1 in chr) && ($4 in pos) && ((($5 in a1) && ($6 in a2)) || (($6 in a1) && ($5 in a2))){print $2}' file1 file2