linux - 如何解析我想在 shell 命令中提取的单词？

Question

我是 linux 命令的新手。

我正在尝试管理大型数据文件，我向您展示了其中的一行，如下所示。

6       129781361       TAR20   DB;DP=95;FS=0.321;GC=39.60;MQ=60.00;SOMATIC;VT=SNP

我要提取的是“FS及其值”这几个字。

所以，我想在 FS 字段中包含一个值 0.321。

当然，我可以使用 R 语言和其他编程语言提取这些值。

但是，这是一项非常费力的工作，因为我现在正在使用 linux 命令。

因此，我想学习如何提取 FS 文件及其值。

你能告诉我如何高效地从 FS 文件中提取 0.321 吗？

谢谢!

Answer 1

你可以使用awk:

awk -F '[ ;,]+' '{print $6}' file
FS=0.321

只获取值部分:

awk -F '[ ;,]+' 'split($6, a, "="){print a[2]}' file
0.321

或者使用 grep -oP (gnu-grep):

grep -oP 'FS=\K[\d.]+' file
0.321