linux - 找不到与 basename 对应的 Bowtie 索引

Question

我是 Bowtie 的新手。我正在尝试使用 Bowtie 进行端到端的本地对齐。我收到此错误消息:

Could not locate a Bowtie index corresponding to basename "/bowtie2-index/hg19"

在我的安装和 bowtie2-index/hg19 文件夹中有六个 bt2 文件。我正在使用以下命令:

/opt/bowtie2/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 64 -x /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 -S /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.sam -1 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f1.fastq -2 /mnt/miczfs/tide/Data/chr2chr3/chr2chr3.f2.fastq

Answer 1

这是一个老生常谈的问题，我想这里的文档不够明确。通过使用 -x/mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19，您告诉 bowtie2 您有类似 /mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19 的文件。 1.bt2 它应该使用。您不指定文件夹，而是指定“基本名称”。您的意思可能是 -x/mnt/miczfs/tide/bowtie2-index/hg19/hg19 或类似的东西。